Stageは基本1スレッドで動きますが・・・

Stageはそのままでは1スレッドで動きます。

JobManager jobManager = new JobManager("hoge.dicon");
jobManager.stage("firstStage").stage("secondStage").stage("thirdStage").execute();

この例だと3スレッド起動することになります。(自身を合わせると4スレッドですが)

しかし、Stageが単純な処理となる場合、いくつかまとめて1スレッドにしたいといったことがあると思ってます。その場合、Stageが特別なルールに従っていれば(インターフェースの実装)、一つにまとめることができます。
その場合、下記のように記述します。

JobManager jobManager = new JobManager("hoge.dicon");
jobManager.stage("firstStage").stage(new String[]{"secondStage","thirdStage"}).execute();

この例では、secondStageとthirdStageが一つのスレッドで動くことになります。